Reconocido como Metafísico, biólogo, cosmólogo, lógico, zoólogo, matemático, ético, epistemólogo, escritor, filósofo, astrónomo y científico, sus ideas ejercieron una gran influencia en la historia intelectual de Occidente.
Resumió todo el saber de su época, pero brilló especialmente en las ciencias naturales descriptivas. Fue autor de la primera clasificación de los animales, padre de la anatomía comparada y maestro de otros científicos, como el botánico Teofrasto, su sucesor en el Liceo. Rechazó la teoría atómica de Demócrito y sostuvo que la materia se origina en la mezcla de cuatro propiedades fundamentales: caliente, frío, húmedo y seco, que se combinan entre sí para dar lugar a los cuatro elementos o esencias: tierra, agua, aire y fuego, a los que añadió un quinto (la quinta esencia o éter), que formaría los cuerpos celestes.
Demostró por varios métodos la esfericidad de la Tierra y sostuvo que esta está situada en el centro del universo. Es el primero en clasificar las ciencias, que dividió en teóricas (matemáticas, física y metafísica), prácticas (ética, política y economía) y poéticas (poética, retórica, etc.). En esta clasificación no se incluye la lógica, descubierta por él, pues es el instrumento para el recto discurrir en todas ellas. También inventó el silogismo, instrumento fundamental del pensamiento occidental.
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